いらなくなったパッケージを削除したい時にはどうすれば良いでしょう?
その様な時は apt-get remove を利用します。
例えば、eb を削除したい場合
$ sudo apt-get remove eb パッケージリストを読みこんでいます... 完了 依存情報ツリーを作成しています... 完了 以下のパッケージが削除されます: eb eb-devel kotonoko アップグレード: 0 個, 新規インストール: 0 個, 削除: 3 個, 保留: 0 個 0B のアーカイブを取得する必要があります。 展開後に 2887kB が解放されます。 続行しますか? [Y/n] 変更を適用しています... 準備中 ############################## [100%] クリーニング/削除中 eb-devel-4.4.3-2osx10.8.x86_64 ############################## [100%] kotonoko-2.1-1osx10.8.x86_64 ############################## [100%] eb-4.4.3-2osx10.8.x86_64 ############################## [100%] 完了
ここで eb に依存している eb-devel, kotonoko が存在する場合、
それらも削除するかどうか確認してきます。
ですから、あるパッケージを抜いてしまったが為に動かなくなるパッケージは、
バグでない限りありません。